Ultrazvuková extrakce se používá hlavně v džusovém a nápojovém průmyslu k extrakci účinných složek, jako je pektin a rostlinné pigmenty. Ultrazvukové vibrace mohou prorazit buněčné stěny rostlin, což umožňuje pektinu, rostlinným pigmentům a dalším složkám vytékat do šťávy. Zároveň ultrazvuk dále rozptyluje částice pektinu a rostlinného pigmentu na menší částice. Tyto menší částice mohou být rovnoměrněji a stabilněji rozloženy ve šťávě. Stabilita ultrazvukem extrahovaného a rafinovaného pektinu je zřejmě zvýšena. Jeho vstřikování do šťáv a nápojů může zabránit jejich usazování a delaminaci. Barva rostlinných pigmentů extrahovaných a rafinovaných ultrazvukem je živější, což může výrazně zlepšit barvu šťáv a nápojů.